Já cedo em sua história, a igreja enfrentava inúmeros desafios. Além da perseguição do império, o desafio dos judaizantes, a igreja primitiva começava a enfrentar um grupo dissidente, que posteriormente ficaria conhecido como "os gnósticos". Este grupo não era uniforme. Havia vários mestres gnósticos, e cada um deles defendia uma doutrina específica. O que tinham em comum era o fato de dizerem haver recebido um conhecimento (gnosis) secreto do próprio Cristo ou dos apóstolos, de onde veio seu nome. Mistificavam a leitura das Escrituras, quando não elaboravam seus próprios escritos, atribuindo a autoria a algum apóstolo.

O ebionismo nunca foi uma doutrina muito difundida. Parece ter desaparecido na medida em que a igreja foi se tornando cada vez mais gentílica e menos judaica. Isto não significa, contudo, que esse ensino não representou um desafio para a igreja dos primeiros séculos. Pelo contrário, o que estava em jogo aqui era a singularidade de Jesus Cristo, em contraste com a possibilidade de distorcer sua figura de modo tal que pudesse simplesmente ser sobreposto à antiga religião judaica. Dessa forma, segundo o ensino ebionista, Jesus deixava de ser único e central. Ele não era mais o filho unigênito de Deus, mas um mero profeta dentro da sequência de profetas. Ele não era mais o salvador, mas simplesmente um elemento - algumas vezes secundário - da ação de Deus ao longo desta era.